在广袤安宁的原始森林中，快乐的蓝精灵们正在准备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢喜忙碌的关头，他们的宿敌——邪恶的巫师格格巫和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。受到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中可怜的笨笨则盲打误撞跑进了据说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布进去。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了神秘的漩涡，来到了美国纽约的中央花园。在这个完全陌生的世界，他们得到化妆品业的帕特里克的帮助。为了返回大森林，蓝精灵们想尽各种办法。与此同时，格格巫和阿兹猫也来到纽约。

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为了获得更多的蓝精灵精华，邪恶巫师格格巫制造了两个调皮捣蛋的灰色小精灵韦克茜和海库斯。可是他无法从灰精灵那里提取精华，为此格格巫派出韦克茜混入大森林，绑架了即将迎来生日的蓝妹妹，希望能从她口中拷问出蓝爸爸将她变蓝的秘密。为了营救蓝妹妹，蓝爸爸率领笨笨、厌厌、浮浮重返人类世界，并在他们人类朋友的帮助下，展开了蓝妹妹的营救行动。

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